O Drupal 7 trouxe importantes inovações. Eu gostei de praticamente todas elas, mas o fato é que a gente perde um tempão para se adaptar, ainda que a adaptação seja para melhor.
Não dá pra evitar sentir falta do node reference, por exemplo, que tem um tratamento bem diferente no Drupal 7 e nem para evitar o hábito de tratar tudo o que precisa de campos como nodes, apesar do fato de que no 7 tudo tem campos.
Com relação à criação de temas sei que muitos sentem falta de melhor documentação das mudanças. Eu, particularmente, gostei de criar a partir do tema default do Drupal 7. Ele vem com uma documentação razoável no código e me pareceu um bom exemplo de como criar os temas. Algumas coisas, no entanto, são difíceis de descobrir, em especial onde estão e como sobrescrever partes do código html que desapareceram do page.tpl.php. É o caso da declaração Doctype e de todo o he
No Drupal 7 foram criados novos tpl.php e o page.tpl.php passou a criar apenas o núcleo da página. Na pasta /modlues/system/ você encontrará o html.tpl.php e outros.
O html.tpl.php define a estrutura da página, incluindo a declaração doctype, o head e o body. O page.tpl.php agora cria uma parte do body, a parte onde será posto o conteúdo. Cada região (declarada no .info) também ganhou um tpl.php.
Dito isto, para alterar o doctype basta você sobrescrever o html.tpl.php, copiando o arquivo /modules/system/html.tpl.php para a pasta do seu tema e alterando conforme necessário.
O pingv tem um excelente artigo sobre as diferenças entre os temas para drupal 6 e 7: http://pingv.com/blog/a-peek-at-drupal-7-theme-system-changes
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